Coleção modelos
Comparações de médias
Todas as diferenças entre pares, ou cada tratamento contra um controle (Dunnett), com p-valor ajustado.
O que o bloco faz
models/pairwise Compara médias ajustadas em pares ou contra um controle, com p-valores ajustados. A saída é models/effects.
Antes de continuar
Termos que esta página usa, em poucas palavras. As definições completas estão no glossário.
- p-valor
- A probabilidade de obter um resultado tão extremo quanto o observado, ou mais, se a hipótese nula fosse verdadeira. p-valor pequeno indica dados pouco compatíveis com a hipótese nula; ele não é a probabilidade de a hipótese nula ser verdadeira nem mede o tamanho do efeito.
- Fator
- Uma variável explicativa categórica cujo efeito se quer estudar, como adubo, cultivar ou dose. Num experimento fatorial, dois ou mais fatores são combinados.
- Contraste
- Uma comparação planejada entre médias de tratamentos, escrita como soma de médias com pesos que somam zero (por exemplo, a média do controle contra a média dos adubados).
- Comparações múltiplas
- Comparar muitos pares de tratamentos aumenta a chance de achar alguma diferença só por acaso. Os procedimentos de comparações múltiplas (Tukey, Dunnett, Scott-Knott...) controlam essa chance de formas diferentes, e por isso podem discordar entre si.
- Normalidade
- Pressuposto de que os erros do modelo seguem a distribuição normal (em forma de sino). Em modelos lineares ele se confere nos resíduos, não nos dados brutos; desvios leves pesam pouco em amostras grandes.
Quando usar
Use após calcular médias ajustadas, quando a pergunta pede contrastes par a par ou comparações com um controle.
Pressupostos
O modelo que entra atende aos seus pressupostos (erros normais, variância constante, independência): as comparações usam o erro padrão dele.
Verificar:Normalidade dos resíduosLeveneDiagnóstico dos resíduos
Se falhar: Acerte o modelo antes: transformação,
models/glm, oumodels/lmerpara erros correlacionados.Sem interação relevante com outro fator; havendo, a média de um fator somada sobre o outro esconde o que aconteceu.
Verificar:Quadro da ANOVA
Se falhar: Compare dentro de cada nível do outro fator (Por no
models/emmeans).As comparações foram escolhidas antes de ver os dados (todos os pares, ou todos contra o controle): o ajuste protege essa família, e não comparações escolhidas depois.
Configuração
Comparar seleciona todos os pares ou contra controle; informe o rótulo do controle quando aplicável e escolha Ajuste.
Exemplo
library(trama)
reg <- tr_registry()
tr_use("trama.models", registry = reg)
tr_flow(reg) |>
tr_add("dados", "models/example", dataset = "milho_dbc") |>
tr_add("ajuste", "models/anova_dbc", resposta = "producao", tratamento = "hibrido", bloco = "bloco", from = "dados") |>
tr_add("medias", "models/emmeans", especs = "hibrido", from = "ajuste") |>
tr_add("resultado", "models/pairwise", from = "medias")O contraste final compara todos os pares de híbridos com ajuste de Tukey padrão.
Como interpretar
A saída identifica contraste, diferença e p-valor ajustado. Com Dunnett, cada nível é comparado ao controle indicado.
Implementação
emmeans::contrast()versão 2.0.3"pairwise"ou"trt.vs.ctrl"; o ajustedunnettusaadjust = "mvt": o Dunnett exato, pela integração da t multivariada (Genz & Bretz), com a semente do nó para ser reprodutível; validado contramultcomp::glht(mcp(... = "Dunnett")).
No código O bloco chama trama.models::tr_models_pairwise(), em trama.models/R/medias.R:176.
A conta é feita nestas chamadas:
emmeans::contrast(grade, "pairwise", adjust = aj_r)emmeans::contrast(grade, "trt.vs.ctrl", ref = ref, adjust = aj_r)
Referências
Teoria
- Kramer, C. Y. (1956). Extension of multiple range tests to group means with unequal numbers of replications. Biometrics, 12(3), 307-310. doi:10.2307/3001469
- Dunnett, C. W. (1955). A multiple comparison procedure for comparing several treatments with a control. Journal of the American Statistical Association, 50(272), 1096-1121. doi:10.1080/01621459.1955.10501294
Livro-texto
- Montgomery, D. C. (2017). Design and Analysis of Experiments. 9. ed. Hoboken: Wiley.
Complementar
- Tukey, J. W. (1949). Comparing individual means in the analysis of variance. Biometrics, 5(2), 99-114. doi:10.2307/3001913
- Genz, A.; Bretz, F. (2009). Computation of Multivariate Normal and t Probabilities. Lecture Notes in Statistics, 195. Berlin: Springer. doi:10.1007/978-3-642-01689-9