Coleção modelos
Médias ajustadas
Médias ajustadas (emmeans) com intervalo de confiança e letras de comparação (Tukey e outros).
O que o bloco faz
models/emmeans Calcula médias marginais ajustadas com intervalos e letras de comparação. A saída é models/emm.
Antes de continuar
Termos que esta página usa, em poucas palavras. As definições completas estão no glossário.
- Intervalo de confiança
- Uma faixa de valores calculada a partir da amostra. Com 95% de confiança, o procedimento produz intervalos que contêm o valor verdadeiro em 95% das amostras possíveis; não quer dizer que um intervalo específico tenha 95% de probabilidade de acertar.
- Resíduo
- A diferença entre o valor observado e o valor que o modelo ajustado prevê para aquela observação. É nos resíduos que se conferem os pressupostos do modelo: eles devem parecer ruído, sem padrão.
- Fator
- Uma variável explicativa categórica cujo efeito se quer estudar, como adubo, cultivar ou dose. Num experimento fatorial, dois ou mais fatores são combinados.
- Nível
- Cada valor que um fator assume no estudo: as doses 0, 50 e 100 kg/ha são três níveis do fator dose.
- Comparações múltiplas
- Comparar muitos pares de tratamentos aumenta a chance de achar alguma diferença só por acaso. Os procedimentos de comparações múltiplas (Tukey, Dunnett, Scott-Knott...) controlam essa chance de formas diferentes, e por isso podem discordar entre si.
Quando usar
Use para comparar níveis de fatores após controlar os outros termos do modelo, inclusive em desenho desbalanceado.
Pressupostos
O modelo que entra atende aos seus pressupostos (erros normais, variância constante, independência): as comparações usam o erro padrão dele.
Verificar:Normalidade dos resíduosLeveneDiagnóstico dos resíduos
Se falhar: Acerte o modelo antes: transformação,
models/glm, oumodels/lmerpara erros correlacionados.Sem interação relevante com outro fator; havendo, a média de um fator somada sobre o outro esconde o que aconteceu.
Verificar:Quadro da ANOVA
Se falhar: Compare dentro de cada nível do outro fator (Por no
models/emmeans).As médias ajustadas dão peso igual a cada nível dos outros fatores; é a população de referência que a comparação supõe.
Configuração
Médias de seleciona o fator; Por desdobra por outros fatores; ajuste das letras e Confiança (padrão 0,95; letras a alfa = 1 − confiança) definem comparações; Escala escolhe resposta ou ligação em GLM.
Exemplo
library(trama)
reg <- tr_registry()
tr_use("trama.models", registry = reg)
tr_flow(reg) |>
tr_add("dados", "models/example", dataset = "milho_dbc") |>
tr_add("ajuste", "models/anova_dbc", resposta = "producao", tratamento = "hibrido", bloco = "bloco", from = "dados") |>
tr_add("resultado", "models/emmeans", especs = "hibrido", from = "ajuste")O fluxo usa o delineamento de milho e calcula as médias de cada híbrido.
Como interpretar
Médias ajustadas controlam os demais termos do modelo. Letras compartilhadas indicam que o procedimento não separou aquelas médias no nível de confiança escolhido.
Implementação
emmeans::emmeans()versão 2.0.3Grade de referência com pesos iguais; no misto e na parcela subdividida,lmer.df = "satterthwaite"; no GLM,type = "response"na escala da resposta.emmeans::contrast()versão 2.0.3"pairwise"com oadjustescolhido (Tukey = Tukey-Kramer no desbalanceado), dentro de cada nível de Por; as letras saem do algoritmo de inserir e absorver, implementado no trama.
No código O bloco chama trama.models::tr_models_emmeans(), em trama.models/R/medias.R:110.
A conta é feita nesta chamada:
emmeans::contrast(grade, "pairwise", by = NULL, adjust = .tr_models_ajuste_r(ajuste))
Referências
Teoria
- Searle, S. R.; Speed, F. M.; Milliken, G. A. (1980). Population marginal means in the linear model: an alternative to least squares means. The American Statistician, 34(4), 216-221. doi:10.1080/00031305.1980.10483031
- Kramer, C. Y. (1956). Extension of multiple range tests to group means with unequal numbers of replications. Biometrics, 12(3), 307-310. doi:10.2307/3001469
Livro-texto
- Montgomery, D. C. (2017). Design and Analysis of Experiments. 9. ed. Hoboken: Wiley.
Complementar
- Piepho, H.-P. (2004). An algorithm for a letter-based representation of all-pairwise comparisons. Journal of Computational and Graphical Statistics, 13(2), 456-466. doi:10.1198/1061860043515