Coleção modelos
Quadro da ANOVA
O quadro da análise de variância, com SQ tipo I, II ou III e a régua do p-valor por termo.
O que o bloco faz
models/anova_table Monta o quadro de efeitos com graus de liberdade, somas de quadrados, estatísticas e p-valores. A saída é models/effects.
Antes de continuar
Termos que esta página usa, em poucas palavras. As definições completas estão no glossário.
- p-valor
- A probabilidade de obter um resultado tão extremo quanto o observado, ou mais, se a hipótese nula fosse verdadeira. p-valor pequeno indica dados pouco compatíveis com a hipótese nula; ele não é a probabilidade de a hipótese nula ser verdadeira nem mede o tamanho do efeito.
- Graus de liberdade
- Quantas informações independentes sobram para estimar uma variabilidade depois de estimados os outros parâmetros. Definem qual distribuição t, F ou qui-quadrado se usa no teste; com poucos graus de liberdade a inferência fica mais incerta.
- Estatística F
- A razão entre duas estimativas de variância: a explicada por um fator e a residual. Valores muito maiores que 1 indicam que o fator explica mais variação do que o acaso explicaria; é a estatística da análise de variância.
- Modelo linear
- Um modelo em que a resposta é a soma de efeitos das variáveis explicativas, cada um multiplicado por um coeficiente, mais um erro aleatório. Regressão e análise de variância são casos dele; “linear” se refere aos coeficientes, não à forma da curva.
- Análise de variância (ANOVA)
- Um método que divide a variação total da resposta em partes atribuídas a cada fonte (tratamentos, blocos, erro) e testa, pela estatística F, se cada fonte explica mais variação do que o acaso.
Quando usar
Use para inspecionar o teste global de cada termo do ajuste e escolher como as somas de quadrados respondem ao desbalanceamento.
Pressupostos
Os pressupostos do modelo que entra (normalidade e variância constante do erro nos modelos lineares; família e ligação no GLM) valem: o quadro só lê o ajuste.
Verificar:Normalidade dos resíduosLeveneDiagnóstico dos resíduos
No tipo III, os fatores estão em contrastes de soma zero (o bloco reajusta sozinho, também no GLM misto e no GLS; o
lmerTestjá é invariante ao contraste). Uma covariável numérica em interação com fator não é centrada: o efeito principal do fator é testado com a covariável em zero, e a nota avisa. No tipo I, a ordem dos termos na fórmula é a ordem das perguntas.Se falhar: No desbalanceado, prefira o tipo II quando não há interação, e o III quando há.
Configuração
Soma de quadrados aceita I, II ou III. Tipo I é sequencial; II ajusta pelos outros efeitos principais; III inclui todos os termos.
Exemplo
library(trama)
reg <- tr_registry()
tr_use("trama.models", registry = reg)
tr_flow(reg) |>
tr_add("dados", "models/example", dataset = "milho_dbc") |>
tr_add("ajuste", "models/anova_dbc", resposta = "producao", tratamento = "hibrido", bloco = "bloco", from = "dados") |>
tr_add("resultado", "models/anova_table", tipo_sq = "I", from = "ajuste")A entrada é o ajuste DBC de produção: cada linha do quadro apresenta para tratamento e bloco os graus de liberdade, SQ tipo I, F e p-valor.
Como interpretar
Os tipos coincidem no desenho balanceado. Em dados desbalanceados, escolha o tipo conforme a hipótese e a ordem do modelo.
Implementação
nlme::anova.gls()versão 3.1.168No GLS,type = "sequential"(tipo I) ou"marginal"(tipo III, com os fatores reajustados emcontr.sum).stats::anova()versão 4.6.0Tipo I (lm,glm: F ou qui-quadrado conforme a dispersão da família); no misto,anovadolmerTestcom gl de Satterthwaite.car::Anova()versão 3.1.5Tipos II e III (type = 2ou3); no tipo III o modelo (também oglmer) é reajustado comcontr.sum. No GLM,test.statistic = "F"ou"LR".
No código O bloco chama trama.models::tr_models_anova_table(), em trama.models/R/resumir.R:195.
A conta é feita nestas chamadas:
stats::anova(aj)car::Anova(m, type = if (tipo == "II") 2 else 3)stats::anova(aj, test = if (usa_f) "F" else "Chisq")car::Anova(m, type = if (tipo == "II") 2 else 3, test.statistic = if (usa_f) "F" else "LR")stats::anova(modelo$ajuste, type = tipo)stats::anova(m, type = if (tipo == "I") "sequential" else "marginal")car::Anova(m, type = tipo)stats::anova(fit$ajuste)car::Anova(modelo$ajuste, type = 2)stats::anova(aj)car::Anova(aj, type = 2)
Outras funções de pacotes que o bloco usa (22)
reformulas::nobars(stats::formula(aj))stats::formula(aj)stats::setNames(rep(list("contr.sum"), length(usados)), usados)MASS::glm.nb(stats::formula(aj), data = fit$dados, contrasts = if (length(ctr)) ctr else NULL)stats::formula(aj)stats::glm(stats::formula(aj), family = stats::family(aj), data = fit$dados, contrasts = if (length(ctr)) ctr else NULL)stats::formula(aj)stats::family(aj)lme4::glmer(stats::formula(aj), data = as.data.frame(fit$dados), family = stats::family(aj), contrasts = if (length(ctr)) ctr else NULL)stats::formula(aj)stats::family(aj)stats::contrasts(d[[v]])stats::contr.sum(nlevels(d[[v]]))stats::lm(stats::formula(aj), data = fit$dados, contrasts = if (length(ctr)) ctr else NULL)stats::family(aj)stats::pf(tab$F[i], tab$gl[i], gl_a, lower.tail = FALSE)reformulas::nobars(stats::as.formula(fit$formula))stats::as.formula(fit$formula)stats::terms(fixa)stats::as.formula(paste("~", t))stats::residuals(fit$ajuste)stats::df.residual(fit$ajuste)
Referências
Livro-texto
- Searle, S. R. (1971). Linear Models. New York: Wiley.
- Fox, J.; Weisberg, S. (2019). An R Companion to Applied Regression. 3. ed. Thousand Oaks: Sage.
- Montgomery, D. C. (2017). Design and Analysis of Experiments. 9. ed. Hoboken: Wiley.