Coleção modelos
Tamanho de efeito (ANOVA)
Eta², eta² parcial e ômega² de cada termo da ANOVA: quanto da variação cada um explica.
O que o bloco faz
models/effect_size calcula, para cada termo do quadro da ANOVA, o eta² (fração da variação total), o eta² parcial (o termo contra o próprio erro) o ômega² (o eta² corrigido do viés em amostra pequena) e o ômega² parcial de Olejnik & Algina (2003), com o erro do próprio termo. Bloco, linha e coluna ficam de fora: são controle da casualização. A saída é uma tabela.
Antes de continuar
Termos que esta página usa, em poucas palavras. As definições completas estão no glossário.
- Tamanho de efeito
- Uma medida de quão grande é uma diferença ou associação, independente do tamanho da amostra (por exemplo, a diferença entre médias em unidades de desvio padrão). Complementa o p-valor: com amostra grande, um efeito minúsculo pode ser significativo.
- Resíduo
- A diferença entre o valor observado e o valor que o modelo ajustado prevê para aquela observação. É nos resíduos que se conferem os pressupostos do modelo: eles devem parecer ruído, sem padrão.
- Modelo linear generalizado (GLM)
- Uma extensão do modelo linear para respostas que não são normais, como contagens (Poisson) e proporções ou sim/não (binomial). Uma função de ligação conecta a média da resposta à parte linear do modelo.
- Fator
- Uma variável explicativa categórica cujo efeito se quer estudar, como adubo, cultivar ou dose. Num experimento fatorial, dois ou mais fatores são combinados.
- Análise de variância (ANOVA)
- Um método que divide a variação total da resposta em partes atribuídas a cada fonte (tratamentos, blocos, erro) e testa, pela estatística F, se cada fonte explica mais variação do que o acaso.
Quando usar
Sempre que o artigo pedir, além do p-valor, o tamanho do efeito de cada fator — em revistas que seguem as normas da APA isso é obrigatório. Funciona em lm, nos delineamentos e na parcela subdividida; GLM e misto não têm somas de quadrados e são recusados.
Pressupostos
O quadro da ANOVA é válido: o modelo está bem especificado e os erros cumprem os pressupostos do bloco que o ajustou (as SQ vêm dele).
Verificar:Diagnóstico dos resíduosNormalidade dos resíduosLevene
Os fatores são manipulados (tratamentos do experimento): o ômega² parcial de Olejnik & Algina (2003) é o dessa situação. Com fator medido (sexo, idade), o eta² generalizado deles, que não está aqui, é o comparável entre estudos.
Se falhar: Relate o eta² parcial e diga quais fatores são medidos.
Com SQ tipo II ou III (desbalanceado) as somas não dão o total: o eta² usa a soma das SQ do quadro, e a coluna
base_eta2avisa.Verificar:Quadro da ANOVA
Configuração
Soma de quadrados escolhe o tipo (I, II ou III), como no Quadro da ANOVA. Cada termo usa o próprio erro: na parcela subdividida, o erro (a) para o fator da parcela e o (b) para a subparcela e a interação; a coluna erro diz qual. Ali o ômega² comum sai vazio (o total mistura os dois estratos) e vale o parcial. Com SQ tipo II ou III as SQ não somam o total, e a coluna base_eta2 diz que o denominador do eta² é a soma das SQ do quadro.
Exemplo
library(trama)
reg <- tr_registry()
tr_use("trama.models", registry = reg)
tr_flow(reg) |>
tr_add("dados", "models/example", dataset = "milho_dbc") |>
tr_add("ajuste", "models/anova_dbc", resposta = "producao", tratamento = "hibrido", bloco = "bloco", from = "dados") |>
tr_add("efeito", "models/effect_size", from = "ajuste")No DBC de milho, o híbrido explica cerca de 65% da variação total (eta² 0,65; eta² parcial 0,82; ômega² 0,60).
Como interpretar
O eta² diminui quando o modelo ganha termos; o eta² parcial não, e por isso é o que se compara entre experimentos com delineamentos diferentes. O ômega² é o menos viesado e pode sair negativo quando F < 1: leia como zero. As referências de Cohen (0,01, 0,06 e 0,14 para eta²) são genéricas; efeitos já publicados na área são uma régua melhor.
Implementação
trama.models::tr_models_effect_size()versão 0.6.6Das SQ e QM dotr_models_anova_table, com o erro de cada termo (na subdividida, o (a) para a parcela e o (b) para o resto).
No código O bloco chama trama.models::tr_models_effect_size(), em trama.models/R/efeito.R:36.
A conta é implementada pelo próprio trama, sem um pacote R de referência por trás.
Outras funções de pacotes que o bloco usa (34)
stats::anova(aj)reformulas::nobars(stats::formula(aj))stats::formula(aj)stats::setNames(rep(list("contr.sum"), length(usados)), usados)MASS::glm.nb(stats::formula(aj), data = fit$dados, contrasts = if (length(ctr)) ctr else NULL)stats::formula(aj)stats::glm(stats::formula(aj), family = stats::family(aj), data = fit$dados, contrasts = if (length(ctr)) ctr else NULL)stats::formula(aj)stats::family(aj)lme4::glmer(stats::formula(aj), data = as.data.frame(fit$dados), family = stats::family(aj), contrasts = if (length(ctr)) ctr else NULL)stats::formula(aj)stats::family(aj)stats::contrasts(d[[v]])stats::contr.sum(nlevels(d[[v]]))stats::lm(stats::formula(aj), data = fit$dados, contrasts = if (length(ctr)) ctr else NULL)car::Anova(m, type = if (tipo == "II") 2 else 3)stats::family(aj)stats::anova(aj, test = if (usa_f) "F" else "Chisq")car::Anova(m, type = if (tipo == "II") 2 else 3, test.statistic = if (usa_f) "F" else "LR")stats::anova(modelo$ajuste, type = tipo)stats::anova(m, type = if (tipo == "I") "sequential" else "marginal")car::Anova(m, type = tipo)stats::anova(fit$ajuste)stats::pf(tab$F[i], tab$gl[i], gl_a, lower.tail = FALSE)car::Anova(modelo$ajuste, type = 2)reformulas::nobars(stats::as.formula(fit$formula))stats::as.formula(fit$formula)stats::terms(fixa)stats::as.formula(paste("~", t))stats::anova(aj)car::Anova(aj, type = 2)stats::residuals(fit$ajuste)stats::df.residual(fit$ajuste)stats::as.formula(modelo$formula)
Referências
Teoria
- Olejnik, S.; Algina, J. (2003). Generalized eta and omega squared statistics: measures of effect size for some common research designs. Psychological Methods, 8(4), 434-447. doi:10.1037/1082-989X.8.4.434
Livro-texto
- Cohen, J. (1988). Statistical Power Analysis for the Behavioral Sciences. 2. ed. Hillsdale: Lawrence Erlbaum (reedição Routledge, 2013). doi:10.4324/9780203771587